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Nous venons de publier un article dans Nucleic Acids Research qui porte sur la détermination quantitative et qualitative de la préservation/dégradation de l’ADN ancien chez six différents mammouths issus du pergélisol sibérien, par la mise en place d’une méthodologie comparative de PCR quantitatives en série pour l’ADN mitochondrial et l’ADN nucléaire.
Pour cet article de mon compère Carsten Schwarz, j’ai essentiellement réalisé l’analyse des données dans le cadre d’un modèle de dégradation stochastique de l’ADN (tel que proposé par Deagle et al. en 2007), ainsi que le traitement statistique des résultats. J’ai également participé à la rédaction du manuscrit et réalisé ses figures.
Accéder a l’article “New insights from old bones: DNA preservation and degradation in permafrost preserved mammoth remains”>
J’ai été fort intéressé par ce papier.
D’abord parce qu’il utilise le modèle de Deagle et que nous venons de publier un article développant un modèle de dégradation aléatoire de l’adn, proche de, mais plus complet que celui de Deagle. (Simultaneous assessment of average fragment size and amount in minutesamples of degraded DNA Analytical Biochemistry 388 (2009) 345–347)et ensuite parce qu’il traite des rapports entre adn mito et nuc. Il y a une question que je me pose à ce sujet; les données sur l’éléphant montrent sans ambiguité que l’adn mito est plus fragmenté que l’adn nuc, mais par ailleurs, les rapports adn mito/adn nuc semblent indiquer que l’adn mito est mieux conservé. Est-ce qu’il y a une contradiction à ce niveau ? Pourrait-on expliquer cela simplement par un nombre de mitochondries/noyaux plus élevé chez le mammouth que l’éléphant (encore que la variabilité des rapports ne soit pas en faveur de cette hypothèse) ou alors par le fait, que l’historique des animaux est différent: On pourrait dire quà la mort de l’éléphant, et seulement pour lui, il y a eu une autolyse plus rapide pour l’adn mito et qu’après un moment, la dégradation s’est ralentie considérablement et que la dégradation de l’adn nucléaire n’ait pas encore “rattrapé” celle de l’adn mito.
Par ailleurs, le soin apporté aux conditions d’extraction force l’admiration. Enfin j’ai bien aimé la discussion; je pense d’ailleurs que nous allons contribuer à ces questions avec un papier accepté sous réserve dans le nuclecic acid reserach et qui traite de la dégradation de l’adn déshydraté à température ambiante .
@Bonnet
Cher Jacques,
merci beaucoup pour votre commentaire et l’intérêt que vous y témoignez pour ce travail.
j’avais par ailleurs découvert l’article de votre équipe au moment de sa publication début 2009 et suis ravi de constater la convergence des résultats aussi bien théoriques que pratiques en termes d’étude de la dégradation post-mortem de l’ADN.
Votre question met en lumière un double paradoxe que nous nous tâchons toujours d’éclaircir quant au différentiel de préservation ADNmt et ADNmt chez l’éléphant “moderne” d’une part et au différentiel de préservation à court terme (pour l’éléphant) et à long terme (pour les mammouths sibériens) de ces deux génomes. En toute franchise, si nous avons quelques pistes théoriques (dont certaines s’approchent de votre proposition d’une autolyse accélérée de l’ADNmt), nous ne disposons pas (encore) des données nécessaires à leur test… Néanmoins, l’hypothèse d’un différentiel de nombre de copies de mitochondries dans le tissu osseux entre l’éléphant et le mammouth apparait fort peu plausible.
Etant de nouveau sur le sol francophone, j’espère avoir l’occasion de vous rencontrer directement pour discuter de ce sujet.
Cher Regis,
nous serions également très heureux d’avoir l’occasion de vous rencontrer. Comme vous avez pu le voir Une partie d’entre nous est à Bordeaux et l’autre au génopole d’Evry.