Citation
Regional differences in bone collagen δ13C and δ15N of Pleistocene mammoths: Implications for paleoecology of the mammoth steppe.
Szpak Paul, Darren R. Gröcke, Régis Debruyne, Ross D.E. MacPhee, R.D. Guthrie, Grant D. Zazula, W.P. Patterson, & Hendrik N. Poinar.
Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology 2010, 286:88-96.
doi: 10.1016/j.palaeo.2009.12.009 Read more…
Publications, article de revue internationale
analyse isotopique, Mammuthus, préservation/dégradation
Citation
A Quantitative Approach to Detect and Overcome PCR Inhibition in Ancient DNA Extracts.
King, Christine E., Régis Debruyne, Melanie Kuch, Carsten Schwarz, & Hendrik N. Poinar.
Biotechniques 2009, 47(5):351-356.
doi 10.2144/000113244 Read more…
Publications, article de revue internationale
inhibition, Liens ADN ancien, PCR quantitative, préservation/dégradation
Citation
New insights from old bones: DNA preservation and degradation in permafrost preserved mammoth remains.
Schwarz Carsten, Régis Debruyne, Melanie Kuch, Elizabth McNally, Henry Schwarcz, Andrew Aubrey, Jeffrey Bada, Hendrik N. Poinar.
Nucleic Acids Research 2009, Advance Online Access 1-15.
Abstract
Despite being plagued by heavily degraded DNA in palaeontological remains, most studies addressing the state of DNA degradation have been limited to types of damage which do not pose a hindrance to Taq polymerase during PCR. Application of serial qPCR to the two fractions obtained during extraction (demineralization and protein digest) from six permafrost mammoth bones and one partially degraded modern elephant bone has enabled further insight into the changes which endogenous DNA is subjected to during diagenesis. We show here that both fractions exhibit individual qualities in terms of the prevailing type of DNA (i.e. mitochondrial versus nuclear DNA) as well as the extent of damage, and in addition observed a highly variable ratio of mitochondrial to nuclear DNA among the six mammoth samples. While there is evidence suggesting that mitochondrial DNA is better preserved than nuclear DNA in ancient permafrost samples, we find the initial DNA concentration in the bone tissue to be as relevant for the total accessible mitochondrial DNA as the extent of DNA degradation post-mortem. We also evaluate the general applicability of indirect measures of preservation such as amino-acid racemization, bone crystallinity index and thermal age to these exceptionally well-preserved samples.
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Publications
ADN mitochondrial, ADN nucléaire, Liens ADN ancien, Mammuthus, PCR quantitative, permafrost, préservation/dégradation
Nous venons de publier un article dans Nucleic Acids Research qui porte sur la détermination quantitative et qualitative de la préservation/dégradation de l’ADN ancien chez six différents mammouths issus du pergélisol sibérien, par la mise en place d’une méthodologie comparative de PCR quantitatives en série pour l’ADN mitochondrial et l’ADN nucléaire.
Pour cet article de mon compère Carsten Schwarz, j’ai essentiellement réalisé l’analyse des données dans le cadre d’un modèle de dégradation stochastique de l’ADN (tel que proposé par Deagle et al. en 2007), ainsi que le traitement statistique des résultats. J’ai également participé à la rédaction du manuscrit et réalisé ses figures.
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News
Liens ADN ancien, PCR quantitative, préservation/dégradation
Mol, Dick, A. Tikhonov, J. Van der Plicht, R.-D. Kahlke, Régis Debruyne, B. Van Geel, J. P. Pals, C. De Marliave, & J.W.F. Reumer.
2006. Quaternary International 142-143:186-202.
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Actes de congrès, Publications
Liens ADN ancien, Mammuthus, préservation/dégradation
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